有關媒體報載指揮中心係行政院遭受壓力，方指示由二級提升為一級開設，中央流行疫情指揮中心鄭重澄清，一級開設係鑑於當時國際疫情緊急，且國內已有零星之社區感染案例，為因應疫情發展之超前布署工作，需積極統合各種資源、設備及人員，統一指揮督導及協調各級政府機關、民間團體與各類組織執行防疫工作，原已與行政院預先商討，立法院2月25日通過「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」後，總統發布生效時，規劃將指揮中心由二級提升為一級。並非媒體報導所謂遭受壓力才決定開設。該報導中所引述之內容與事實不符，特此說明澄清。
指揮中心呼籲，本次疫情防治工作需中央與地方同心協力，全力防疫、紓困及振興，共同渡過難關。