行政院4月10日核定「衛生福利部防疫中心興建工程計畫」，將於現疾病管制署昆陽實驗室原地興建防疫大樓，計畫透過建置完善的檢驗實驗設備，配合感染管制及生物安全、急慢性傳染病、新興傳染病整備、港埠檢疫及國內外疫情監測中心等業務單位，並整合「國家衛生指揮中心(NHCC)」，期提升我國疫情監控、檢驗研究、疾病防治及政策規劃等項目至國際一流水準。
因應近年來國際間新興傳染病不斷發出的挑戰，疾病管制署自SARS疫情後即進行相關規劃，歷經十多年、排除許多困難後，在行政院及衛福部的大力支持下，計畫得以獲得通過。該計畫預計自2021年開始執行，於2027年竣工，計畫期程共計6年，總經費約新臺幣40億元，預計興建「行政大樓(含國家衛生指揮中心(NHCC))」及「實驗大樓」兩棟大樓，分別占地14,850平方公尺(4,500坪，12樓)及46,200平方公尺(14,000坪，9樓)，均規劃設計為綠建築及智慧建築；其中實驗大樓亦有建置第三等級生物安全等級實驗室。
疾管署表示，防疫中心完工後將進一步提升我國監測、檢驗、疫苗研製、生物製劑等防疫能力。未來併同衛福部大樓、食安大樓，打造一個更完整的防疫園區，以因應各種新興傳染病的挑戰。