鑒於國際疫情嚴峻，對國內防疫安全威脅日增，指揮中心已訂有具感染風險者的追蹤管理機制，若為確診個案的接觸者，須進行居家隔離，另自3月19日起，擴大至所有入境民眾皆須配合居家檢疫14天。
指揮中心進一步指出，由於居家隔離及居家檢疫者感染風險相對較高，未落實相關隔離或檢疫規定將提高社區傳播風險，而居家檢疫者入境時，若未提供詳實的聯絡或居住資料亦妨礙後續關懷追蹤，均嚴重影響防疫工作推動。因此，衛生福利部先前於3月20日發布違反隔離、檢疫規定的裁罰基準，明訂隔離或檢疫者違反相關規定，依擅離時間加重處罰；除擅離時間外，另應衡酌其他違規情節，如接觸人數多、活動範圍大、接觸抵抗力比較差的民眾、出入公共場所、搭乘大眾交通工具、在從事業務處所接觸民眾等情節，從重裁處。
此外，除了處以罰鍰，居家隔離首次擅離應併同執行強制安置，居家檢疫者再次擅離者，應加重處以罰鍰，併同執行強制安置。但由於近期已有多名居家檢疫者確診感染，顯示其有相當程度之感染風險，指揮中心刻修訂裁罰基準，對於居家檢疫者首次擅離時即應執行強制安置，且不得領取防疫補償外，亦將對其加徵必要之費用，以落實公權力之執行。
指揮中心重申，依「傳染病防治法」及「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」規定，居家隔離者有擅自外出或其他違規情節，可處20萬至100萬元罰鍰，居家檢疫者於入境時未詳實填寫資料，可處1萬至15萬元罰鍰，如有擅自外出、未配合主管機關開立的檢疫通知書所載自機場返家規定或違反其他相關規定，可處10萬至100萬元罰鍰。截至目前，地方政府已開罰318人，罰鍰金額達2,714萬8千元，請居家隔離或檢疫的民眾務必配合相關規定，若不幸染病，違反相關措施將危害更多民眾的健康安全，切勿以身試法、害人害己，也同時請地方政府持續落實公權力執行，共同維護國人健康。