有關現仍滯留武漢之國人包機返台相關事宜，中央流行疫情指揮中心今（14）日表示，將堅守防疫優先、弱勢優先之立場，並對於中方拖延及拒絕合作表達高度遺憾。
指揮中心表示，雙方洽談第一次航機運輸任務時，我方即表達以載運弱勢者為優先，並派遣醫護及檢疫人員，做好登機前及航程中之防檢疫部署，並給予旅客充分醫療照顧。為達成以上目標，我方明確表示希望派遣華航班機協助運輸。然中方堅持由東方航空執行運輸，並一再保證會做好相關防檢疫措施、弱勢優先安排等，我方才勉強同意。但首班包機返台航班上卻出現發燒個案，機上未安排專業醫療人員，旅客名單亦不符合弱勢優先原則，在我方內部造成相當爭議。
指揮中心表示，經過檢討，考量中方目前防疫事務繁重，相關人力、物力緊張，本於互助及防疫第一立場，我方除堅持運輸民眾返台相關處理原則外，也提供121名急需返台國人名單，並明確表示應由我方派遣華航班機執行任務。為此，華航已做好相關規劃，指揮中心也規劃一組12位防疫醫護人員同行，以確保登機、飛航期間之防疫與人員照料工作得以嚴謹周全。尤其優先名單中許多人員為有慢性疾病、年長或年幼，需要更充分的醫療照顧。有關華航班機、醫護防疫人員的編組及全程防檢疫、醫療支持計畫皆已經完成整備，隨時可執行任務。
指揮中心強調，惟經過多方溝通，中方始終以各種理由拖延，拒絕合作，包括再三堅持以東方航空密集執行近千人次運輸任務。但事實證明，首次包機執行在防疫作為上仍需加強改善，若依循相同模式，將使滯留武漢民眾在輸運過程中承擔很大風險，亦會造成兩岸間不必要的誤會。我們對於中方的堅持無法理解，表達高度遺憾。
指揮中心重申，我方基於防疫優先、弱勢優先的原則，也為了避免如同上次包機因沒有完整防疫準備，而使機上人員暴露於確診病患的感染風險，我方認為相關輸運安排應按部就班，在接回任務完成後，再行檢討後續作業。上述做法目的皆為確保專機人員安全及國人健康，降低防疫風險。